Question

1 Approved Answer

Posted on Jul 24, 2024

I need to determine which distance (Euclidean or Karl Pearson), which scaling, and how many dimensions I should use to perform an appropriate multidimensional scaling

I need to determine which distance (Euclidean or Karl Pearson), which scaling, and how many dimensions I should use to perform an appropriate multidimensional scaling of this data set using R. How can I accomplish this?

image text in transcribed

FDA ID COUNTRY B BA CA K MG MN PRB ZN 2939 BEL 0.298 0.237 109.1 1802 102.3 2940 BEL 0.288 0.236 108.4 1797 102.3 2962 BEL 0.421 0.271 43.4 16 34 85.1 2984 BEL 0.434 0.117 53.4 1504 84.5 4395 BEL 0.578 0.145 82.9 1486 94.5 4396 BEL 0.575 0.144 81.8 1464 93.8 4427 BEL 0.811 0.196 266.2 1761 113.0 4428 BEL 0.794 0.193 270.4 1731 113.2 159 LSP 0.181 0.092 31.2 1233 64.3 193 LSP 0.733 0.034 34.7 1640 69.4 228 LSP 0.514 0.026 28.9 1753 61.9 261 LSP 0.504 0.040 36.7 1759 73.2 339 LSP 0.744 0.040 43.3 1814 76.8 340 LSP 0.771 0.045 43.3 1793 77.2 367 LSP 0.453 0.059 42.0 1819 81.5 368 LSP 0.445 0.054 40.3 1779 81.1 476 LSP 0.127 0.077 39.0 1570 98.1 1017 LSP 0.431 0.084 44.0 1564 86.1 1018 LSP 0.433 0.084 44.4 1585 87.3 1045 LSP 0.609 0.065 39.7 1553 81.9 1046 LSP 0.604 0.068 38.6 1518 80.9 1128 LSP 0.410 0.073 48.1 1713 119.4 1129 LSP 0.404 0.073 45.3 1693 119.4 1162 LSP 0.564 0.048 34.5 1128 76.6 1163 LSP 0.554 0.051 33.4 1130 76.6 2852 TME 1.013 0.050 102.6 1555 75.0 2859 TME 1.017 0.050 95.0 1559 74.3 2891 TME 1.491 0.032 111.5 1462 70.5 2898 TME 1.500 0.031 109.7 1456 70.5 4267 TME 0.795 0.089 389.5 1305 74.6 4268 TME 0.805 0.087 399.7 1327 76.2 2766 VME 0.440 0.709 64.7 1549 93.6 2767 VME 0.417 0.646 79.8 1420 84.7 2773 VME 0.402 0.633 77.0 1387 82.2 4300 VME 0.754 0.472 76.4 1507 91.6 4301 VME 0.758 0.471 75.5 1484 90.7 0.453 0.455 0.160 0.265 0.330 0.327 0.360 0.353 0.253 0.132 0.119 0.133 0.149 0.151 0.172 0.168 0.136 0.200 0.202 0.126 0.125 0.176 0.172 0.114 0.112 0.135 0.130 0.157 0.156 0.217 0.217 0.162 0.148 0.150 0.542 0.544 122.2 2.98 121.9 2.99 124.9 7.26 135.5 2.35 148.6 1.98 147.6 1.96 194.5 5.28 192.9 5.23 52.4 1.89 103.4 1.37 104.1 1.44 124.3 2.99 125.3 1.45 125.4 1.45 121.1 3.11 120.0 3.11 80.4 1.18 95.6 1.11 96.6 1.10 89.7 2.14 88.9 2.12 119.5 1.82 117.7 1.85 95.6 0.83 94.8 0.80 132.1 0.22 132.5 0.26 115.1 0.59 114.3 0.60 126.9 0.26 127.4 0.23 157.5 2.74 144.3 2.48 143.7 2.48 170.6 4.12 171.9 4.08 0.323 0.328 0.277 0.397 0.356 0.365 0.477 0.439 0.306 0.244 0.232 0.194 0.291 0.305 0.279 0.265 0.276 0.268 0.273 0.247 0.231 0.479 0.464 0.174 0.170 0.270 0.261 0.225 0.220 0.411 0.393 0.355 1.045 1.050 0.324 0.337 FDA ID COUNTRY B BA CA K MG MN PRB ZN 2939 BEL 0.298 0.237 109.1 1802 102.3 2940 BEL 0.288 0.236 108.4 1797 102.3 2962 BEL 0.421 0.271 43.4 16 34 85.1 2984 BEL 0.434 0.117 53.4 1504 84.5 4395 BEL 0.578 0.145 82.9 1486 94.5 4396 BEL 0.575 0.144 81.8 1464 93.8 4427 BEL 0.811 0.196 266.2 1761 113.0 4428 BEL 0.794 0.193 270.4 1731 113.2 159 LSP 0.181 0.092 31.2 1233 64.3 193 LSP 0.733 0.034 34.7 1640 69.4 228 LSP 0.514 0.026 28.9 1753 61.9 261 LSP 0.504 0.040 36.7 1759 73.2 339 LSP 0.744 0.040 43.3 1814 76.8 340 LSP 0.771 0.045 43.3 1793 77.2 367 LSP 0.453 0.059 42.0 1819 81.5 368 LSP 0.445 0.054 40.3 1779 81.1 476 LSP 0.127 0.077 39.0 1570 98.1 1017 LSP 0.431 0.084 44.0 1564 86.1 1018 LSP 0.433 0.084 44.4 1585 87.3 1045 LSP 0.609 0.065 39.7 1553 81.9 1046 LSP 0.604 0.068 38.6 1518 80.9 1128 LSP 0.410 0.073 48.1 1713 119.4 1129 LSP 0.404 0.073 45.3 1693 119.4 1162 LSP 0.564 0.048 34.5 1128 76.6 1163 LSP 0.554 0.051 33.4 1130 76.6 2852 TME 1.013 0.050 102.6 1555 75.0 2859 TME 1.017 0.050 95.0 1559 74.3 2891 TME 1.491 0.032 111.5 1462 70.5 2898 TME 1.500 0.031 109.7 1456 70.5 4267 TME 0.795 0.089 389.5 1305 74.6 4268 TME 0.805 0.087 399.7 1327 76.2 2766 VME 0.440 0.709 64.7 1549 93.6 2767 VME 0.417 0.646 79.8 1420 84.7 2773 VME 0.402 0.633 77.0 1387 82.2 4300 VME 0.754 0.472 76.4 1507 91.6 4301 VME 0.758 0.471 75.5 1484 90.7 0.453 0.455 0.160 0.265 0.330 0.327 0.360 0.353 0.253 0.132 0.119 0.133 0.149 0.151 0.172 0.168 0.136 0.200 0.202 0.126 0.125 0.176 0.172 0.114 0.112 0.135 0.130 0.157 0.156 0.217 0.217 0.162 0.148 0.150 0.542 0.544 122.2 2.98 121.9 2.99 124.9 7.26 135.5 2.35 148.6 1.98 147.6 1.96 194.5 5.28 192.9 5.23 52.4 1.89 103.4 1.37 104.1 1.44 124.3 2.99 125.3 1.45 125.4 1.45 121.1 3.11 120.0 3.11 80.4 1.18 95.6 1.11 96.6 1.10 89.7 2.14 88.9 2.12 119.5 1.82 117.7 1.85 95.6 0.83 94.8 0.80 132.1 0.22 132.5 0.26 115.1 0.59 114.3 0.60 126.9 0.26 127.4 0.23 157.5 2.74 144.3 2.48 143.7 2.48 170.6 4.12 171.9 4.08 0.323 0.328 0.277 0.397 0.356 0.365 0.477 0.439 0.306 0.244 0.232 0.194 0.291 0.305 0.279 0.265 0.276 0.268 0.273 0.247 0.231 0.479 0.464 0.174 0.170 0.270 0.261 0.225 0.220 0.411 0.393 0.355 1.045 1.050 0.324 0.337